כאשר בוחנים את מופעיה של המילה מחשבה (על נטיותיה השונות) במקרא, רואים שיש שוני בין משמעותה והקשריה המקראיים לבין משמעותה המשתמעת בימינו. ונראה שאפשר להבחין בשלושה רכיבי שוני עיקריים.
א. אם נשפוט על פי מופעיה של המילה מחשבה במקרא, האדם המקראי הרגיל אינו חושב מחשבות. חושבי המחשבות המקראיים הם ישויות מופשטות או נישאות; ובפרט: אלוהים; כלל בני ישראל; גויים שונים; אנשים רמי מעלה (למשל מלכים). והמחשבות של הישויות האלה אינן עוסקות במציאות היום-יומית, אלא בעניינים יסודיים של כלל העם, או כלל בני האדם, או אף כלל הבריאה. אולי משום כך כמעט תמיד המקרא מדבר על מחשבות (לשון רבים) ולא על מחשבה. הנה שתי דוגמאות:
וְהֵמָּה לֹא יָדְעוּ מַחְשְׁבוֹת ה' וְלֹא הֵבִינוּ עֲצָתוֹ (מיכה ד יב).
ה' הֵפִיר עֲצַת גּוֹיִם; הֵנִיא מַחְשְׁבוֹת עַמִּים (תהילים לג י).
ב. מחשבות במקרא הן למעשה כוונות, תכניות פעולה, דרכי התנהגות. כדוגמה לכך אפשר להביא שוב את שני הפסוקים המוזכרים למעלה. בשניהם המחשבות מוקבלות לעצה; ועצה (בפסוקים האלה ובעוד מופעים במקרא) היא כוונה, תכנית פעולה. דוגמה נוספת: לָכֵן שִׁמְעוּ עֲצַת ה' אֲשֶׁר יָעַץ אֶל בָּבֶל, וּמַחְשְׁבוֹתָיו אֲשֶׁר חָשַׁב אֶל אֶרֶץ כַּשְׂדִּים (ירמיהו נ מה).
ג. כאשר המקרא מדבר על מחשבות של בני אדם, כמעט תמיד אלה מחשבות רעות, כוונות זדון. דוגמאות:
סיפור המבול מתחיל כך: וַיַּרְא ה' כִּי רַבָּה רָעַת הָאָדָם בָּאָרֶץ, וְכָל יֵצֶר מַחְשְׁבֹת לִבּוֹ רַק רַע כָּל הַיּוֹם (בראשית ו ה).
ישעיהו אומר על עם ישראל: מַחְשְׁבֹתֵיהֶם מַחְשְׁבוֹת אָוֶן שֹׁד וָשֶׁבֶר בִּמְסִלּוֹתָם (ישעיהו נט ז).
במגילת אסתר כתוב: וַתּוֹסֶף אֶסְתֵּר וַתְּדַבֵּר לִפְנֵי הַמֶּלֶךְ […] לְהַעֲבִיר אֶת רָעַת הָמָן הָאֲגָגִי וְאֵת מַחֲשַׁבְתּוֹ אֲשֶׁר חָשַׁב עַל הַיְּהוּדִים (אסתר ח ג).

האם באמת צריך להסיק מהמקרא שהאדם המקראי לא חשב מחשבות רגילות? בוודאי שלא. אמנם המקרא אינו מרבה לתאר את מה שמתרחש בתודעתם של גיבוריו, בכל זאת יש בו דיווחים רבים על חשיבה ומחשבות. אלא שהוא משתמש לכך במושגים ספציפיים שמייצגים את פעולות החשיבה הספציפיות שעליהן מדובר. הנה כמה מושגים כאלה, ולכל אחד גם דוגמה:
בחינה. הֲלֹא אֹזֶן מִלִּין תִּבְחָן (איוב יב יא).
דמיון. אַל תְּדַמִּי בְנַפְשֵׁךְ לְהִמָּלֵט בֵּית הַמֶּלֶךְ מִכָּל הַיְּהוּדִים (אסתר ד יג).
הבנה. לוּ חָכְמוּ, יַשְׂכִּילוּ זֹאת; יָבִינוּ לְאַחֲרִיתָם (דברים לב כט).
הֲגִייָה. כִּי שֹׁד יֶהְגֶּה לִבָּם (משלי כד ב/
הקשבה. וְהִקְשִׁיב קֶשֶׁב רַב קָשֶׁב (ישעיהו כא ז).
זיכרון. וּזְכַרְתַּנִי וְלֹא תִשְׁכַּח אֶת אֲמָתֶךָ (שמואל א' א יא).
חקירה. וְדָרַשְׁתָּ וְחָקַרְתָּ וְשָׁאַלְתָּ הֵיטֵב (דברים יג טו).
ידיעה. שְׁלֹשָׁה הֵמָּה נִפְלְאוּ מִמֶּנִּי וְאַרְבָּעָה לֹא יְדַעְתִּים (משלי ל יח).
תימהון. וַיִּתְמְהוּ הָאֲנָשִׁים אִישׁ אֶל רֵעֵהוּ (בראשית מג לג).
תשומת לב. וַאֲשֶׁר לֹא שָׂם לִבּוֹ אֶל דְּבַר ה' (שמות ט כא).